La définition des maladies allergiques introduit les notions d’hyper-réactivité du sujet allergique et de spécificité de l’agent de provocation ou « allergène ». Celui-ci est défini comme toute substance capable de sensibiliser l’organisme de certains individus et de déterminer lors de sa réintroduction, des manifestations pathologiques.

Le terme « d’atopie » caractérise la prédisposition héréditaire à se sensibiliser à certaines substances de l’environnement selon un mécanisme d’hypersensibilité précoce médiée par les immunoglobulines E (IgE). Il est cependant possible de posséder un terrain atopique sans pour autant développer de réactions allergiques.

Bien que parfois l’allergie puisse ne pas dépendre uniquement de la présence d‘IgE, la réaction allergique est toujours d’ordre immunologique contrairement à ce qui se passe pour les « intolérances alimentaires » (liée généralement à un déficit enzymatique) qui miment cliniquement les réactions allergiques mais ne répondent pas à un mécanisme immuno-allergique proprement dit.
L’exemple classique d’intolérance alimentaire est l’intolérance au lactose par déficit enzymatique en lactase. Il s’agit de la traduction clinique de la disparition de la capacité à digérer le lactose, principal sucre du lait. Cette pathologie, largement répandue, se traduit par des douleurs abdominales, de la diarrhée dans les heures qui suivent la consommation de lait.

L’allergie alimentaire « vraie » correspond à des manifestations cliniques apparaissant après l’ingestion d’un allergène alimentaire (appelé aussi trophallergène). En eux-mêmes les allergènes ne constituent pas un danger pour l’organisme, à la différence des bactéries, des virus ou des parasites, mais le système immunitaire de certaines personnes les considèrent à tort comme tel et déclenchent une réaction de défense de l’organisme contre cet intrus à l’origine de la symptomatologie clinique.

Le mécanisme de la réaction allergique immédiate IgE dépendante de type I (mécanisme le plus fréquent) s’effectue classiquement en 2 étapes

Première étape : la sensibilisation
Le premier contact de l’allergène avec le système immunitaire conduit à la production d’IgE spécifiques. Celles-ci se répartissent ensuite dans l’ensemble de l’organisme, via la circulation sanguine, et se fixent sur des cellules cibles de la peau et des muqueuses (mastocytes) ainsi que sur des cellules cibles circulantes (granulocytes basophiles). Cette première étape, appelée phase de sensibilisation, muette cliniquement, prépare l’organisme à réagir de façon immédiate lors d’un second contact avec l’allergène.

Deuxième étape : la réaction allergique proprement dite
Lors du deuxième contact avec l’allergène (ou d’un allergène de structure proche dans le cas des allergies croisées), le pontage des IgE spécifiques membranaires produites lors de la phase de sensibilisation active mastocytes et basophiles entraîne alors la libération de médiateurs chimiques. C’est cette libération de médiateurs (dont le principal est l’histamine) qui est responsable des manifestations cliniques de nature allergique plus ou moins grave en fonction de chaque individu.